叙上卷一、太极图抄引二、太极图（图缺）三、太极图说四、不知《易》者不足以言太医论五、问三才所同者于人身何以见之六、命门图说（图缺）七、右肾水火辩九、《难经正义》三焦评附：东垣三焦论十、问诊三焦包络十一
秘藏膏丹丸散方剂
简介医方集宜内容细目叙凡例八款六气十二经见证卷之一卷之二卷之三卷之四卷之五卷之六卷之七卷之八卷之九卷之十
序上籍食治养老益气方第一食治老人眼目方第二食治老人耳聋耳鸣诸方第三食治老人五劳七伤诸方第四食治老人虚损羸瘦诸方第五食治老人脾胃气弱方第六食治老人泻痢诸方第七食治老人烦渴热诸方第八食治老人水气诸方第九食
《黄帝内经》简介重广补注黄帝内经素问序《黄帝内经·素问》上古天真论篇第一四气调神大论篇第二生气通天论篇第三金匮真言论篇第四阴阳应象大论篇第五阴阳离合篇第六阴阳别论篇第七灵兰秘典论篇第八六节藏象论篇第九
伤寒直格方
序自序上集伤寒正名论王叔和辟泥四时论病之谬辟泥日数分经之谬论陶节庵论吴又可诸家编次司天运气分别阴阳十二经离合察脉大法寸口脉论趺阳少阴脉论脉分阴阳死生论仲景六经辨证与内经热病论互异辨中风一辨中风二辨中风
第一册卒中暴厥中风中寒中暑中湿中气中食中恶伤暑伤湿伤燥伤饮食伤劳倦虚劳传尸劳发热潮热恶寒往来寒热外热内寒，外寒内热上热下寒，上寒下热疟厥第二册气郁痞水肿胀满积聚痰饮咳嗽喘短气第三册呕吐膈气呕吐反胃噎吐
简介卷上伤寒门初病说伤风伤寒外感伤食伤暑大满发汗寒热真假辨乍寒乍热辨真热症方用真寒症方用假热症方用假寒症方用真热假寒真寒假热上热下寒循衣撮空结胸扶正散邪汤火证门泻火汤总方火症火越燥症治火丹神方消食病痿
序自序凡例卷一医中百误歌保生四要治阴虚无上妙方人参果医有彻始彻终之理内伤外感致病十九字火字解脉法金针寒热虚实表里阴阳辨医门八法论汗法论和法论下法论消法论吐法论清法论温法论补法伤寒纲领伤寒主治四字论经腑