卷之一要书说六经图足太阳膀胱经手小肠足阳明胃经手大肠足卲阳胆经手三焦足太阴脾经手肺足少阴肾经手心足厥阴肝经手心胞伤寒纲领伤寒论伤寒标本表里虚实发表之药用温攻里之药用寒温里之药用热论十六种治法一 伤寒二
小引卷一水部诸水火部诸火土部诸土金部金赤铜铜青自然铜古文钱铅铅粉铅丹密陀僧锡铁落针砂铁精铁锈石部玉云母白石英紫石英丹砂银朱水银轻粉灵砂雄黄雌黄石膏滑石赤石脂炉甘石无名异石钟乳锻石浮石阳起石磁石代赭石禹
十剂表
曹序自序序例卷之一·阴阳脏腑部阴阳五脏卷之二·阴阳脏腑部诊法通论诊虚实法、诊寒热法（俱入治法）诊病传变（诊病将死期入诊生死条）诊病愈剧诊生死诸脉诊病杂法诊一岁病证相同卷之三·阴阳脏腑部治法通论倒仓法药
简介普济方有关说明卷一 方脉总论 辨男女形生神毓论卷二 方脉总论 辨奇经八脉法卷三 方脉总论 辨七表八里脉法卷四 方脉总论 九道病脉卷五 方脉药性总论 药性总论卷六 五运六气图卷七 运气图 甲子岁图卷
《仁斋直指》序卷之一总论五脏所主论五脏病证虚实论诸阴诸阳论血营气卫论脉病逆顺论男女气血则一论问病论论《易简方论》附∶原脉论（出《保命集》）附论五篇（出《丹溪心法》）附∶十二经脉歌火湿分治论虚实分治论附
通俗序壶天性果女丹十则（一卷）第一则·养真化气第二则·九转炼形第三则·运用火符第四则·默运胎息第五则·广立功行第六则·志坚行持第七则·调养元神第八则·移神出壳第九则·待度飞升第十则·了道成真女金丹序上
卷上勿药须知疗心法言林鉴堂安心诗养心说养肝说养脾说养肺说养肾说斋说食忌说食饮以宜居室安处论居处宜忌说寝室宜忌说卧时祝法睡诀孙真人卫生歌真西山卫生歌养神气铭孙真人养生铭谨疾箴导引却病法内养下手诀运气法固
序序序序自序卷上参合六十年客气旁通图运气便览五运六气寸尺不应药之主宰运气之变成疾论四时运气论疫与伤寒似同而异论伤寒无斑疹疫疹穷源疫疹案论疫疹之脉不宜表下论疫疹因乎气运疫疹之症头痛倾侧骨节烦痛腰如被杖遍
阴阳五行阴阳阳常有余，阴常不足阳化气，阴成形阳气阳强不能密，阴气乃绝阳杀阴藏阳生阴长阳生于阴阳胜则阴病阳损及阴阳中之阳阳中之阴阴不抱阳阴平阳秘阴气阴生于阳阴胜则阳病阴损及阳阴阳阴阳乖戾阴阳互根阴阳离决