凡例卷一九恨十三不可学十传摹看手指筋纹乃医家异教说治病不可关门杀贼说治病不可开门揖盗说汤方内更换药味说看病秘诀死症辨卓溪家传口诀推拿代药赋卷二阐明五脏生克以知补母泻子辨脐风辨胎寒辨胎热辨胎毒发丹辨胎惊
秘藏膏丹丸散方剂
针邪密要
序原叙原例（次序略经更定）通行经络（补）人参高丽参黄精大枣面鹿肉羊肉鳝鱼淡菜人乳人气紫河车（和）甘草香附连翘合欢皮芜荑海桐皮乳香没药竹沥荆沥广皮枳子菠菜荠菜白豆酒灵砂百沸汤鹈鹕油蜂蜜（攻）大戟甘遂商陆
石山医案
史序凡例卷一风暑湿燥温热卷二咽喉耳目口齿咳嗽咳血喘胸痹虚劳不寐心悸健忘卷三肝风呕吐噎格脘痛腹痛泄泻痢疟卷四肿胀遗精遗尿淋浊疝气疮疡调经带下胎前产后
序一序二自序跋凡例太极图（图缺）命门水火图（图缺）五气图（图缺）卷之一医论命门水火图说五气图说论膀胱者州都之官津液藏焉气化则能出矣论补脾补肾治血贵静广嗣方论论诸痿胃气当察辨利痢脉病之殊治病求本驳诸家痨
第1部分第2部分第3部分第4部分第5部分
原序自序卷一脉论辨五脏六腑部位脉法辨人迎三部趺阳九候五脏六腑脉法诊诸病证脉法辨脉形及变化所主病证法卷二寒证热证风食风湿疟疾痹证劳伤气病血证卷三诸积诸痛眩晕厥证痰饮消证疸病卷四咳嗽喘证呕吐小便妇人科
序卷一杂症述略卷二妇科述略胎前论治卷三产后述略